เนื้อเรื่องเกิดขึ้นในอนาคตที่ห่างไกล กลุ่มเด็กที่รับภารกิจต่อสู้กับพวกเคียวริว (Kyouryuu) โดยใช้โรบอตเรียกว่า Franxx เพื่อปราบพวกนั้นและแสดงการมีตัวตนของตน เรื่องโฟกัสที่ Code:016 (ฮิโระ) อดีตผู้มีฝีมือแต่หลังผิดพลาดเขากลับถูกเมินจนเหมือนไร้ตัวตน DARLING in the FRAN จนกระทั่งได้พบกับ Code:002 (ซีทู) สาวปริศนาปรากฏต่อหน้าเขา