สิ่งที่เริ่มต้นจากโครงการความช่วยเหลือง่ายๆได้เพิ่มขึ้นอย่างไม่สามารถควบคุมได้และตอนนี้ Medaka Kurokami พบว่าตัวเองถูกเปิดเผยว่าเป็นอะไรที่มากกว่ามนุษย์ แต่นั่นเป็นเพียงจุดเริ่มต้นของซีรีส์ใหม่ของการเปิดเผยที่น่าตกใจซึ่งนำไปสู่แผนลับดำมืดที่แม้แต่พลัง Medaka Box Abnormal ที่ไม่น่าเชื่อของโหมด War God ของเธอก็อาจต้านทานได้ ถึงกระนั้นเมดากะก็พิสูจน์ได้ว่าเป็นคนเก่งในการคิดนอกกรอบและหากเธอต้องการการสนับสนุนทรัพยากรที่ซ่อนอยู่ทั้งหมดของสภานักเรียนอย่างเต็มที่เพื่อตอบสนองความท้าทายนั่นคือสิ่งที่เธอจะได้รับ แม้แต่คนผิดปกติ!